Η Πολυδούρη δημοσίευσε το πρώτο της ποίημα το 1916, με τίτλο Ο πόνος της μάνας, εμπνευσμένο από το μανιάτικο μοιρολόι που άκουγε στα παιδικά της χρόνια στο Γύθειο. Το 1928, έτος θανάτου του Καρυωτάκη, δημοσίευσε την ποιητική συλλογή «Οι τρίλιες που σβήνουν» και το 1929 τη συλλογή «Ηχώ στο χάος». Τα άπαντα της εκδόθηκαν το 1961 με επιμέλεια της Λιλής Ζωγράφου, με προσθήκη αδημοσίευτων ποιημάτων, ενώ το 1981 ο Τάκης Μενδράκος επιμελήθηκε μια νέα έκδοση των απάντων με την προσθήκη μιας νουβέλας που είχε ολοκληρώσει το 1925 στη Φτέρη του Αιγίου, ατιτλοφόρητης, που αργότερα πήρε το όνομα Μυθιστόρημα. Στην εργογραφία της επίσης εντάσσεται το Ημερολόγιο της, καθώς και κάποιες μεταφράσεις γαλλικών ποιημάτων. Υπάρχουν, εντούτοις, ακόμη άγνωστα κομμάτια του έργου της.
Τα ποιήματα της χαρακτηρίζονται από πρωτογενή λυρισμό και υπέρτατη αξία της ζωής θεωρεί τον έρωτα. Με έντονα τα συναισθήματα, η ίδια γράφει αυθόρμητα, αδυνατώντας ή αδιαφορώντας να υποτάξει το λυρισμό της σε συμμετρικά σχήματα. Παρότι η θεματολογία της δεν ξεπερνά το τετριμμένο και κοινότοπο, η γλώσσα και ο στίχος της δεν είναι επιμελώς επεξεργασμένα, πολλές φορές πλατειάζει ή ρέπει στο μελοδραματισμό, εντούτοις η γνησιότητα του πάθους και ο λυρισμός της διασώζουν την ποίηση της. Αδικημένη από την κριτική, η οποία την είδε παραπληρωματικά του Καρυωτάκη, λόγω της καταλυτικής του λογοτεχνικής προσωπικότητας και του μεταξύ τους δεσμού, για πολλά χρόνια ήταν καλυμμένη πίσω από τη δική του ποίηση.
Η Μαρία Πολυδούρη ήρθε κι έφυγε από τη ζωή σαν αστραπή, χωρίς να προσγειωθεί κι υπάρξει σα συνηθισμένος άνθρωπος. Η Μαρία Πολυδούρη δεν είναι ηρωίδα ρομάντζου. Γεννήθηκε και έζησε σε μια εποχή συντηρητική, που τη συνέθλιψε. Δεν υπήρξε μόνο θύμα του εαυτού της - είναι αλήθεια ότι διακατεχόταν από μια ανίκητη τάση αυτοκαταστροφής- αλλά και του κλίματος που επικρατούσε γενικά και ιδιαίτερα της κοινωνικής μοίρας της ως γυναίκα. Eξετάζοντας αυτό το αστέρι του αιώνα μας που τόσο μικρή τροχιά διένυσε θα διαπιστώσουμε από τη μία μεριά, μια αντίθεση ανάμεσα στις ιδέες της και τις αρχές της και από την άλλη, στο ποιητικό της έργο.
Ενώ οι ιδέες της είναι πολύ προοδευτικές για την εποχή, η ποίησή της -επηρεασμένη, αναμφισβήτητα, σε μεγάλο μέρος από τον Καρυωτάκη- διακρίνεται για το στοιχείο του πεσιμισμού:














